由于担心炮击会让伤员们心虚难安，故而镇海伯郑芝龙便未让虎大威的炮兵团开火，郑芝凤所率的舰队也未二次驶入大员湾，对热兰遮城堡进行炮击。
郑芝龙遣叔父郑戢将伤势不重，但暂时身体无法参战的士卒装船，先行转运到澎湖或者夏门进行修养。
可以救治的重伤员不便乘船，暂时安置在大员岛南部的营帐里照顾，待情况稍好之后，再行装船运往后方。
郑芝龙从未想过陆战会打成这番模样，即使是夜战，敌情不明，五千人马又是轮番上阵，也不至于被五百红夷给重创。
幸好在战前各部已经定好了暗号，只要在黑夜里不说明语者，一律斩杀，起初是定为闽语，不过虎大威所部都是北人，根本就不会说闽语，故而改成了明语，即北方官话。
要不然在混战之中，前方战况不明，视线极差，情急之下，连自己人都能被打死打伤好几百人，那就更加糟糕了。
郑芝龙也不好过分责备郑芝鳌，平心而论，在排兵布阵上，郑芝鳌并未有多大的过失，临阵指挥也算得当。
之所以能出现如此大的伤亡，多半是因为此前郑氏高层皆安于现状，自家兵马训练懈怠，又久疏战阵，一旦到了以命相搏之时，纵使想要杀敌，也是有心无力了。
经过事后了解，郑举与郑绍两人均未出现临阵怯战或主动溃逃之状，前者是被红夷用短铳偷袭所伤，后者则是在交锋时被其利剑割伤。
不过郑芝龙完全可以想到，事先提醒麾下诸将的那些注意事项，他们均未当回事，太子爷说红夷悍勇，当须稳扎稳打，谨慎用兵，也被众人所轻视。
是役也是给郑氏上下敲响警钟，夺取大员地区绝非易事，热兰遮城堡近在咫尺，想要攻克亦是举步维艰，若无坚韧毅力，则会将之前的努力付之东流。
无奈之下，郑芝龙只能决定增兵，拨给郑芝鳌三千士卒，以保持对热兰遮城堡的围攻之势。再给郑鸣郢调拨一千马卒和一千步卒，因为东岸的战况也不容乐观。
大员岛这边是攻城战，但是热兰遮城堡久攻不下，郑军开始陷入白昼炮战与夜晚偷袭的双重漩涡之中。
东岸的情况则是另一番景象，由于红夷故意不与郑军正面交锋，选择进行伏击战和游击战，导致郑鸣郢只得不断派兵进行追击与围堵。
可由于所部仅有五千兵马，少量马卒又在与红夷马卒交锋时折损大半，根本无力对红夷主力进行迂回包抄。
仅靠步卒推进的话，又无法阻止红夷向内陆逃窜，郑芝龙也只能加强郑鸣郢所部的兵力，以期其可以速战速决。
这样一来，郑军在东岸就部署了六千人马，在大员岛先后用兵一万三千，在北线尾岛驻有五百人，在前进基地的澎湖约有六千五百人作为预备队。
郑芝龙并未将澎湖驻军全部调到前线投入战斗，一来是因为眼下步卒的作用并不显著，二来则是考虑转运的问题。
一旦郑军在下一场风暴来临之前，无法攻克热兰遮城堡，那么所有兵马都须从前线撤离到澎湖躲避风暴，然后再卷土重来。
大员岛也无法驻扎太多的兵马，对物资供给压力过大，即便郑军可以依托强大的海运能力进行补给，但要维持一万多作战部队的日常作战所需，各种消耗也是极为惊人的。
最重要的是，郑芝龙担心从大员湾溜走的荷兰舰队并不会去往马尼拉或者巴达维亚，而是会在海上对郑军的补给线进行袭扰，大幅度的牵制郑