就这样，明朝跟西班牙组建了一支联合舰队，明朝这边是南海舰队，以火蛟号为旗舰，共二十五艘大吨位，蒸汽动力的铁甲战舰。还有海象船坞登陆舰，海龟抢滩登陆舰，海牛装甲运兵船，海蛇滨海战斗舰，二十四艘，共四十九艘战船。
西班牙的船比较多，以一艘从大明买去的老式巡海夜叉为旗舰，两艘虎鲸护卫舰，十八艘海鲨驱逐舰为主力战舰，再加上他们自制的西班牙大帆船，火炮战船，以及仿制的大白鲨战船，共三百余艘，加入进来，接收曹变蛟指挥，合力攻台。
荷兰人不敢跟联合舰队打，把所有船都收回港口，紧急派人去找明军谈判，曹变蛟得了朱由检和李云崖的死命令：“荷兰必须立即马上离开台湾岛，否则绝无谈判的可能。”
荷兰人见打不过，只得退一步，愿意让出台湾：“但我们这些年在岛上建了城市、房屋、道路、桥梁，还指挥岛民开垦出不少荒地，总而言之算是建设了不少，大明是不是给点银子赎买？就算不赎买给点补偿也好。”
曹变蛟回复：“你们在我国土上窃居了这么多年，所捞到的好处比你付出多了何止百倍千倍？你只说开垦建设，你怎么不说你们奴役屠杀岛民的事情呢？三日之内，不答应撤走，我军将自己去取！”
荷兰人满嘴发苦，一群负责人窝在屋里争辩了一整天，最终作出决定，不等国内命令了，直接撤走！反正即使打也打不过，等到战败了再撤赔的更多！
他们立即又派人联系曹变蛟，表示愿意撤退，但毕竟家大业大，恳求能够宽限撤退搬家的时间限制，需要最少一年的时间。
曹变蛟不敢做主，立即给北京发电报，朱由检马上作出回复：“最长一个月，下月初五，明军就要登岛入城！”
荷兰人见赖也赖不掉，只能加紧时间整理行囊包裹，把这些年攒下的家底，打包装船，撤往雅加达——然后一面派人往国内传信，一面拿出之前的国书来北京，要跟大明建交。
朱由检先还以为自己听错了：“荷兰不是刚跟我们差点打起来吗？怎么马上就要建交？”
李云崖放下正在批示的台湾岛上六府人事任命文件：“人家是以商业立国，不像咱们那么看重面子，而且人家认为，世界上没有永恒的朋友，也没有永恒的敌人，只有永恒的利益，跟咱们建交他们有利益可捞，所以并不会为了所谓过去的仇恨，或者面子问题继续跟我们为难，台湾他们是肯定弄不回去了，不如一切往前看。”
“不如一切往前看啊。”朱由检感慨几句，“那就跟他们建交吧，不过他们这个国书是之前的，这个不行，得让他们国会再重新发一份过来。”
大明未用一兵一卒，将台湾岛全部收回来，朱由检先还发愁，要给西班牙什么礼物以感谢他出兵，被李云崖阻止：“西班牙之所以出兵，是因为他跟荷兰是仇人，检检，你要知道，西方人做事可不像我们这样，讲什么宗主国，藩属国，宗主国动辄为藩属国兴兵，人家一切从利益出发，咱们跟他们打交道得换一种方式。你千万不必说任何感谢他帮忙的事，他们并没有帮我们，只随便准备一份礼物，为了感谢两国友好，给他们随便送过去就是了。”
收回台湾以后，朱由检又给葡萄牙人传信，让他们立即马上让出澳门。
葡萄牙衰落的比西班牙还厉害，此时的国力远不如西班牙跟荷兰，虽然也有所复苏，但也差距极远，他们所在的澳门，比台湾岛上更小，兵力更少，根本无法跟明军抗衡，在接到大明让他们离开的文书之后，也立即做出答应的回复，收拾东西回麻六甲。
至此，南方暂时平定下来，李云