他的另一项改革措施,是对行政体制进行大改,中华文明原来的中心是在关中地区，从周朝开始，一直到秦、汉、隋、唐等,全国人口密度最大，最繁荣发达的地方就是关中,但是发展到后来，河北地区、黄淮地区、江南地区相继发展起来，汉末十八路诸侯讨董,就是关东诸侯跟关中诸侯的决战,后来隋末混战,李家得天下也是一样。
随着时代的发展变化，关中地区逐渐没落，历朝历代开始不再把长安列为定都首选，宋朝就定都开封，明朝先定南京，后迁都北京，中华文明整体东移，西北的关中地区就逐渐没落下来，异族入侵，外国骚扰，西北始终不得安宁，至于古时候的丝绸之路，更是断绝久矣。
李云崖将明朝原来的三司衙门废除，全国设省，省下设府，府下设县，县下设乡，最低的官员为乡长，乡下设村，在不违反国家法律的情况下，允许各村自制。
首先将北直隶改为河北省，南直隶改为江苏省，把安徽省抠出来，跟江西省相对立，湖广拆分为湖南、湖北，这样做的好处是，一旦天下有变，南方不能连成一片搞独立对抗北方，形成割据政权，北方要打到南方，一条路先取襄阳，然后沿江而下，一条路直接从合肥濡须口渡江，过去历朝历代都在这两条路上损失惨重，现在大明地盘更大了，要兼顾到蒙古高原和西伯利亚，对南方的约束就更显得精力不够了，所以一定要防微杜渐，提前做好准备。
再就是蜀地，由于四川盆地周围都是大山，关起门来，外面人很难打的进去，一旦天下右边，四川盆地里面都是最先跳起来独立的，每个朝代都是一样，为了避免这种情况发生，当初蒙元时代将汉中划分到陕西省，打开了四川盆地的北大门，李云崖跟朱由检商议之后，决定再进一步，将川渝分家，从四川跟湖广各抠出一块来，再设立一个单独的省，叫做巴渝省，将四川盆地的西大门也打开，再继续沿用古制，利用云南跟贵州对四川外围进行瓜分限制。
作为中央决策者，最重要的就是杜绝各地方的割据，避免形成干弱枝强的局面，唐代藩镇割据引得五十余年分裂战乱的惨痛教训，绝不能再发生，俗话说“家大业大，容易散架”，现在地盘比过去多了一倍，人口更多而且复杂，每一个政策都会影响到数以百万的人，所以必须精打细算。
除了行政上的划分之外，就是通过公路、铁路、水运，邮政、电话等措施进行全国串联，南北向，东西向各修两条主干铁路，再修整拓宽京杭大运河，这回要求用公路连接各乡，李云崖还令各部会进行成片串联，如举行全国性的体育、诗词、歌舞、手艺、服装、园林等各种赛事，或由国家举办，或由民间举办，竭尽所能增加人员流动和交流。
李云崖在内部会议上做出的规划是，将来把东南亚各国拿下来之后，作为农业区，到时候中国将不会再缺粮食，中原地带作为工业区，蒙古高原是牧野区，西伯利亚是矿业区，这是南北分的，东西来分，东部是商业区，西部也是工业区，他让朱由检派使者出使中亚诸国，一直到奥斯曼帝国和意大利地区，建立外交关系，重开商路，西北一定不能空虚，一旦人口全部流向东方，会造成这样那样的问题，到时候整个西北地区甚至都可能被分裂独立，甚至是由别国吞并。
在民生方面，继续在全国范围内修建学校，要求每个乡都要有至少一个小学，县里建中学，府里建至少有一个学院的大学，为了吸引更多的年轻人抛掉四书五经学习新学，免除学杂费和书本费，另外还有一顿午餐补助。还要建体育场、图书馆等，要求每个