人先后到达日本，天主教在日本迅速传播，皈依天主教的日本人数直线上升，九州一带信教的人最多，总共达十几万人，大批日本人改信天主教，这成为许多贫苦日本人的精神支柱。

    这种情形引起了德川幕府和各大名的恐慌，担心会影响日本的国教神道教和主流宗教佛教，因此严厉禁止并屠杀天主教徒。

    当最后一名外来传教士被烧死后，整个九州岛，陷入了一片恐慌，官府逼迫的越紧，人们反而愈加信奉起天主教来。

    岛原人民由于饥荒，受的是双重苦难，信教不准，还要无休止地出钱出工。不仅如此，租税也极其苛刻，收成好时上缴一半，收成不好之时收获的东西要全部上缴。肥前藩主松仓重政死后，其子松仓胜家继任藩主，他比其父更为残暴。

    八月十九日，松仓氏的一名家将在一处村庄中征收年贡时，引发暴动，被饥饿的村民所杀。

    八月二十日，该村一百六十七人，被松仓胜家派来的军队屠杀殆尽，怒火之下，附近几个村庄也无一幸免。

    八月二十七日，岛原城外，七百零三名日本天主教徒被活活烧死，尸体化为炭灰，这七百多人被烧死的地方每到夜间便会传来隐约的哭声，被称为“鬼地”。

    正当被屠杀压抑得没有任何生机的时候，一个传说在岛原、天草不胫而走。原来一六一四年一个神父在被迫离开日本时曾预言：二十三年后会出现一位天童，是上帝再世，精通教义，谙魔法，他一定会拯救你们。

    天草四郎年仅十六岁，是天草岛上的天主教徒益田甚兵卫的儿子，自小聪颖过人，有神童之称，且外表俊秀。令人吃惊的是，他非常精通基督教的教义，人们认为他就是上帝的使者。

    苦难的人们成千上万地向天草四郎汇集，形成了一股强大的力量。

    十月初一，岛原一名农民角藏，接受教义，渡过鬼池前往天草郡，拜访了天草时贞（天草四郎），被授称号修道士，负责在岛原传教。

    十月十七日，修道士角藏、教徒三吉全家十八口被守护代的代官林兵右卫门杀死，一时间，怨声载道。