治安军第一旅留下一个团作为马尼拉的留守部队，马尼拉港口也将重新安置炮台，炮台所用的岸炮将是零七式三十五毫米双管自行高炮，日本雇佣军松浦一郎所部两千五百兵力将留在吕宋，继续负责清剿土著武装的工作。
按照计划，吕宋的华人将会武装起一个五千人的配备了火绳枪的民兵部队，他们平时会由治安军进行一些必要的科目训练，平时为民，战时为兵，作为吕宋地区的治安力量。
天策军海军舰队留下两艘海监战舰驻守马尼拉港口，其他两艘船坞登陆舰、两艘补给舰、四艘海警战舰、两艘海监战舰和八艘客货滚装轮，共十八艘战舰分两批起航南下，目标为荷兰人的殖民地巴达维亚。
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在艰难地选择与同行博弈，荷兰人将他们的东方商业殖民帝国立足地定在了东南亚的爪哇岛。一六一九年，第三任荷兰东印度公司总督彼得森带着武装船队打败了万丹苏丹以及当地的英国人，彻底攻占巴达维亚，并以此为根据地，开创了荷兰东印度公司的东方帝国。
彼得森在给国内公司董事会的信里写到：“……为了保障香料贸易的垄断地位，我们必须牢牢掌握与之相关的所有项目。”
在这种以支持香料垄断贸易为核心的指导思想下，荷兰东印度公司继续把他们在欧洲运作熟练的海上转口贸易模式进行升级强化，武力成为使用频率最高的手段。
凭借着雄厚的资本、良好的殖民根据地，荷兰东印度公司几乎完全垄断了东南亚的香料产业和其他大宗商品的转口贸易，商业航线向西远至波斯、印度和斯里兰卡，向东则延伸到马鲁古香料群岛，向北抵达明国和日本。
但巴达维亚在建立初期，环境是如此的恶劣，荒凉的沼泽地，充满各种致命因素的雨林，以及虎视眈眈的懒惰而野蛮的爪哇土人。
在巴达维亚的发展过程，大量的华裔成为了荷兰东印度公司能找到的最佳建设开拓者和城市经营者。或高薪引诱，或私下骗拐，挖空心思地从明朝获取华人劳力，成为了一六一九年之后荷兰东印度公司的主要政策之一。
勤劳聪明的华裔承担了巴达维亚开拓时期的大量苦难，他们不光是优秀的农夫和工匠，还是明国商品的供应者、城市功能的经营者、零售商业和沿海贸易的间人，无数人在这个过程客死异乡，为巴达维亚的发展作出了不可磨灭的历史贡献。
而此时的巴达维亚却弥漫着绝望的气氛，大明帝国的报复来的太迅猛了，巴达维亚总督罗本没有等到揆一舰队的消息，却等来了明帝国的舰队。
第一批到来的是庄速文率领的南洋分舰队，南洋分舰队到达后没有对巴达维亚发动进攻，而是堵住了巴达维亚港口，拦截一切出港的船只。
三天后，天策军海军舰队全部到齐，此时巴达维亚港口内已经有五艘不听劝告而出海的商船被击沉。
荷兰人的陆军与西班牙相比更加薄弱，整个巴达维亚的陆军总兵力不过一千五六百人，荷兰终究还是个小国，此时的荷兰国家总人口还没超过两百万。
荷兰人强大在海上，所以被誉为“海上马车夫”，一旦失去海上优势，荷兰人的陆上军力就不值一提了。历史上英国人击败荷兰人，也是联合法国从陆上攻入荷兰本土。
自一六三六年，罗本就任巴达维亚总督之后，为了抵御英格兰人和万丹苏丹战争的打击，他就致力于将巴达维亚建设成为一座军事要塞，现在是巴达维亚工程的最关键期，要塞设计得十分坚固。要塞所用的石料都是千里迢迢从印度科罗曼德尔运来的。