然而在这种情况下，他也不是没有问题和烦扰。至少在外部没有什么足够大的忧患和威胁的情况下，自然转而专注对内地治理的同时，也让一些长久被压制和隐藏起来的矛盾和积弊，被逐渐的显露出来。
河南地方毕竟是传统中原人烟稠密的富饶之地，只是因为战火绵连和天灾人祸，才变得地方残破而人口凋零的。但是在招徕军民共同屯垦了数年之后，又得以转手通商的过程中获得良种、新式农具和耕稼技艺的便利，还是很容易取得了显而易见的成果。
然而，随着他在河南地方的立足并且自成一方格局，现如今聚拢在他麾下的部属和将士，也自然而然的各自聚附和划分成为了若干个不同背景来历的山头和派系。
比如，曾经在军中最有影响力的其实是李唐宾为首，随着辗转征战天下的历程，而陆续配属与他麾下，而多少对于大齐新朝甚有归属感的老义军一系；然后又有那些被他兼并而来的别部义军，及其留用下来的头目们。
不过，在朱老三一贯明里暗中的压制、拉拢和分化手段之下，目前已经有所式微了。其中那些顽固不化之辈，不是已然边缘化，便就是另立名目被派去了长安，再也没有回来的机会了。尤其是在他在回师途中暗中下令溺死了监军使严实之后。
而如今作为军中主干和中坚、核心班底的，则是朱珍、胡真为代表的昔日故里乡党一系；然后，又可以延伸到那些一路陆续前来投奔的家乡子弟和不得志的乡土豪杰、士人，作为没有什么根基的外来人，他们无疑是比别人更容易团结在朱老三身边的群体。
而到了都畿道地方站稳脚跟之后，又陆续聚附在他身边的都畿道和陈许、郑滑、汴宋，这些地方新晋军将构成的中小派系。虽说人头看起来最多，然而各自的利益诉求也有所不同，所以影响力反倒涣散的多了。
但是在对于大齐新朝和太平军的态度上，他们又因为昔日的出身差别，各自分成倾向性比较明显的信赖、亲近、持中、疏远，乃至厌弃的多种态度。所以他必须进行有效的权衡和调剂，才能确保自己始终牢牢掌握着掌握最大的威望和权柄。
至少，来自新朝大齐的名分大义是不能丢的，这一面隐隐号令关东各地的旗帜。而与太平军密切往来的深厚渊源和利益纽带，也不是可以轻易动摇和破坏了。可以说这也是他得以在河南站稳脚跟的基础和财源、大宗进项之一。
然后才是恩结和笼络中原地方人士的诸多乡党群体，令其相互制衡和竞争的同时，从中陆续获得成建制的兵源和各种治理所需的人才。善待和优抚那些追随自己出生入死的老兄弟，让他们继续支持和拥护自己。
但是如今关内的大齐新朝俨然是危在旦夕而无力救援，他麾下这些部属也不可避免的产生了显而易见的分歧和矛盾。尤其是相对已经在南边称王，并且将势力推进到了与自家仅有一水之隔的淮水南岸的太平军政权，他们的不同态度和争议就更加尖锐起来。
其中那些倾向上更加亲附太平军的理由也很简单，如今天下半壁皆为其所有，更占据了最富庶的东南八道。可谓是兵强马壮而强势难当，自岭内一路起兵而来击破的朝廷宿将名臣数不胜数；就连黄王的大齐新朝最盛时也要仰仗三分；更别说还有那边的渊源而多年屡受恩惠之。
但也有人觉得太平军的主张固然听起来甚好，然而对于地方士绅乡里实在是太过苛酷了；各种凌逼和清算的手段难免令人敬而远之，更不利于笼络和招揽人心。因此，主张继续维持现状而不管将来如何发展，能够过一天算一天的也不乏其人。