但是这种情况才维持一年，宇智波鼬不知道什么原因，居然加入了暗部，而身为宇智波鼬的同伴，两人在忍界已经小有名气的“木叶双忍”自然不能分开，雨生在种种原因的驱使下也只能加入暗部。
得到雨生加入暗部的消息后，长老团的根部队也开始蠢蠢欲动起来，但在三代猿飞的镇压下也没什么行动。
转眼间又是三年，雨生现在的实力已经稳踏在上忍，十三岁的雨生身高已经达到160公分，身材也更加矫健，在暗部的三年雨生彻底的改变，不再像以前那般喜欢说话，整个人变得冷淡下来，只是对自己的家人依然像从前般。
不知道什么时候开始，宇智波鼬变得越来越不正常，雨生每每问他的时候，他总是叫雨生不要管那么多，做好自己本分就好了，雨生隐隐约约感觉，有什么东西就要到来了。
直到有一天，暗部传来消息说宇智波止水的死讯，雨生才恍然大悟的发现，剧情终究是要来了。当天，雨生被派到调查宇智波止水的死因，他和几人来到宇智波一族的领地，很快就找到宇智波鼬的家里。
“那就是鼬最疼爱的弟弟吗？”
雨生很快间看见在旁边的宇智波佐助，佐助这时脸上还是很纯真的，而宇智波鼬也缓缓从里面走出来，他看见雨生后略显震惊，宇智波鼬最终没有承认自己杀死止水，而雨生看向宇智波鼬的眼神也是极为为难。
雨生等人无奈的离去，现在的宇智波鼬已经开启万花筒，实力想来已经踏入准影级。宇智波一族真的只能到此为止了吗……而宇智波碧水呢？要能怎么办，一切都只好顺其自然了。
在路上，雨生见到了一个身着橘黄色衣服的男孩，他眼神无助地坐在路上，脸庞那六道弧线更加承托出他的不平凡。漩涡鸣人！雨生只是瞥了一眼，然后便加快脚步朝前面走去。
宇智波鼬究竟在忍受着怎样的折磨呢？由于宇智波一族在与木叶的政治斗争中总受压制，一族人不甘心便在其父亲的带领下叛变木叶。宇智波鼬做为双重间谍，在痛苦与煎熬中被迫接受了木叶上层的任务灭族。
夜，又是夜。雨生抬头仰望这星空，总感觉不那么真实。
木叶五十六年，木叶两大豪族之一宇智波陨落。
那夜，在木叶村民沉浸在梦乡之时，宇智波一族的领地上，正进行一场鲜血的洗礼，那场洗礼之中存活下来的，只有一人！第二天早晨宇智波灭族的消息传遍整个忍界，而当问起凶手之时，所有人都不禁愣神。
曾经被誉为“木叶双忍”之一的宇智波鼬，居然成为灭族的凶手，这无不让人感到匪夷所思，但是这成为了事实，现在的木叶没有名为宇智波鼬的男人，只有杀灭自己族人，忘恩负义的s级叛忍，成为众人唾弃的对象。
但宇智波鼬究竟为何要灭族，没有人知道，而宇智波的陨落造就了日向一族，从那天开始，木叶唯一的豪族仅剩下日向。
宇智波的灭族随着时间而冲淡，年复一年，时光飞快的流逝着，而木叶的生活依旧如此安宁，众人所能看到的是三代火影猿飞日斩在一天一天的衰老，木叶下忍的成长。
“木叶双忍”这个名城曾经光辉无数，但伴随着宇智波鼬的叛逃已经逐渐被人们忘记，而双忍之中的另一人再也没有大放异彩，这样的情况一直维持到木叶六十年。
“干嘛老是拉着我来逛街啊？”在木叶街道上，一个女孩兴高采烈的拉着男孩，而被拉着的男孩却满脸无奈，那双碧绿色的双眸慵懒的扫过旁边的村民，威风吹过稀罕的紫发随风摇摆，将近一米七的挺拔身材，让他成为街道瞩目的对象