只是孙元化虽然不是治世之才，但到底是有脑子的人，自然不会如此的鲁莽，意图引起刘玉波的杀心，只是现下他辞别火器局的工作，闲下心来将诸般事情过了一遍，心中已是有了定论，见自己师傅愁眉不展，闷坐于椅上，便向他笑道：“师傅，事已至此，愁亦无用。我等当拿定了主意，若是刘玉波反叛，咱们为皇上尽节便是了。”
“我意亦是如此，只是就怕这刘玉波杀心一起，连累那些在台湾的内地内地儒生，我心中实在是不安啊”
孙守福叹道：“若果真事情坏到那个地步，也是各人的造化不好，我料那刘玉波若是起了杀心定然不会让台湾的内地儒生离去，但这般也好，到时若事情真的败坏到这种地步，那么天下之人必会看清楚这刘玉波伪善的面目，现下圣上岁不理国事，但朝堂诸公也都尽心竭力，这天下也是安稳的很，他若在无儒生的支持，便是有天大的能耐也翻不起浪来。”
徐光启听得他一言，便明白了分，不由的大怒道：“元化，前番所作所为竟是有意而为之，你可知这些儒生中有不少都是在当地的人杰，若是
真出了事，你叫我怎么去见他们的家人，怎么去见各省的诸公”
孙元化见师傅发怒急忙起身赔罪，又解释道：“师傅我这也是不得已而为之，前段时间我去见在北港中的诸位儒生，发现他们虽对刘玉波有些举措颇有微词，但却对于他免费招童生入学，改革弊政将这小小的台湾治理为天下少有的繁荣之地佩服不已，最近刘玉波又极力的拉拢内地儒生，有好些一只不坚的儒生以投靠他的门下，长此以往下去，那好了得。我这么做也是为了将他丑恶面目昭告与天下，待世人明白了他的野心，他收拢人心的举措自然不攻自破。”
徐光启的面目好看了一些，但到底还是有些忧虑，“牵连的人数还是太多了，有不少人还带着内地的一家老这些都是妇孺儿童，你叫我怎么面对啊”
孙守福却笑道：“师傅你且放宽心，这刘玉波虽说是桀骜不驯，但我看他只是对朝廷心存不满，现下说他想造反，那也是没影的事。他虽说有些实力，但也就是水师强一些，到底不能和大明举国之力相抗衡，他那陆军当真不值得一提，便是那福建一省的陆军，亦是不下于刘玉波手下的所有军队。在说他若是敢反，只怕早就反了，何必对咱们大明如此亲近。我想只是他心中郁积的不快，对大明心生芥蒂罢了，所以我前番便知会孙郭二人，期望他们可以考虑接受朝廷招安一事，待到刘玉波接受朝廷招安，朝廷在台湾设县制官，三代以后，台北之事不足为虑，不足为虑啊。”
徐光启闻言亦道：“你这话虽然有些直白，却是不糊涂，算的上治理台湾的良方，他刘玉波再是蛮横，到底也就是一世而已，只要忍了过去，在他之后朝廷在台湾开恩科，一代过后，只怕台湾的百姓便心向大明了。只可惜当今圣上明明是中兴明主，像以往圣上即位后诸般
举措皆是不凡，那时大明国力蒸蒸日上，刘玉波这小小土霸王，只要朝廷一声令下，也只有袒露上身，身缚草绳，向皇上求饶的份只是世事无常，圣