战争已经结束，但是末世危机并未消除。星河宇宙仍处在崩塌瓦解、衰败毁灭的边缘，或大或小的漏洞还在不断出现，生命能量的外泄与黑色能量的渗透已经成为常态。
刚刚统一了全人类并团结了绝大多数智慧生命的地星联盟当局顾不上享受和平及功成名就的快乐，就再次紧锣密鼓地开始了新的艰巨任务。
林在山在星际各势力的全力拥护之下荣登天尊之位，成为星河宇宙最高主宰。自此，星河宇宙进入新纪元。
在荣登天尊之位后，整个星河宇宙的人类都在狂热地崇拜他，各种尊崇、各种膜拜、各种贡奉层出不穷。每天都有势力向林在山献礼、讨好，每天都有美女主动投怀送抱。生杀予夺、存亡荣辱，基本上就取决于林在山一念之间。他一个念头可以摧毁多个星系，一个响指能让宇宙震颤。
无论是个体实力还是身后的集团实力，林在山都远远超过了星河宇宙古往今来任何强者。
所谓极端的权力滋生极端的腐败，任何人拥有林在山这般实力和地位，都很容易颐指气使、胡作非为。
但林在山例外！他走的是正能量的进化道路，他的信念及星魂进化的内在机制都不允许他“黑化”。作为星河宇宙间第一人，他比任何人都清楚信仰之力、因果之力以及正能量星魂符号的价值及特性，在他的逻辑当中，霸凌宇宙带来的快感和受益，远远不足以弥补在正负因果值上的损失。
正因如此，他没有走上赫天尊、亚特等人的老路去独揽大权、霸凌宇宙，而是建构了一套贤能体制，将领袖的个人领导能力与集体的意志和智慧有效融合，使得最主要的资源和力量能够用到最重大和紧要的事情上去；在充分尊重和确保各个种族平等的基础之上，按照个人贡献和能力确定地位及待遇，任人唯贤，约束特权及精英势力对公共事务的不当干预；在全民中大力推广普及科技和异能，给每个人提供进化升级、自我实现的机会。
这种贤能领导下的普惠体制，最大限度地实现了资源整合，有效地避免和化解了各种重大纷争，使得人类可以将主要注意力从内斗转移到当前最为紧迫的问题上来：拯救即将毁灭的星河宇宙。
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第一项重大举措是改造末世审判系统。末世审判系统给全人类带来了深重的灾难，所以绝大多数人起初都希望将它摧毁、永绝后患。林在山并没有简单地顺从民意，他提出要变害为利，将末世审判系统改造成末世拯救系统。众人听了他的解释后无不赞同。
最终的改造行动充分保留和利用了无数前人、专家的劳动成果；用林夫子替代了原来的SAI；将对星魂的审判机制改为星魂辅助和试炼机制；将高级位面对星际的资源攫取改为星河宇宙资源的统一调配，哪里有需要就往哪里配置资源。
有了末世拯救系统，人类就可以比较高效率地监控和干预各个宇宙角落，大大提升了末世危机的应对能力。
第二项重大举措是建立一批专门的、强大的“补天”战队。林在山等以无畏舰群为班底，组建和训练了100万支补天分队，分赴宇宙各个角落，监控和弥补外连漏洞。同时吸取先前经验，研发和提升“补天”的技术水平。
自这批“天团”到位后，星河宇宙接二连三的漏洞爆发势头就逐渐削弱。在经过10年漫长的拉锯战之后，已经漏洞百出、千孔百疮的星河宇宙竟然被修补完整。内部物质和能量的外泄以及外部黑色能量的渗透终于被控制在极其有限的范围之内。
结构的修复还带来了另一个重大利好：原本预期难以撑过百年的星河宇宙似乎又焕发了第二春，各方面的数据和征象