在太空中生活的人类，进化出了新人类这一物种。新人类的出现，导致人类本身被分化。随着时代发展，基因调整人出现，调整人与自然人的矛盾一触即发，最终演变成全面战争。在这时，人类与宇宙中的另一文明“丧尸”碰撞，这一时期，世界陷入极度混乱之中。
一方面，人类作为一个整体，要面临外来文明的入侵。另一方面，人类内部本身的矛盾并未得到本质上的解决：调整人被归入新人类一派，旧人类与自然人从来都是一体，双方的矛盾难以调和——
本来，新人类是指移民在宇宙当中，因为宇宙辐射等原因而觉醒出潜在能力的人类；而基因调整人则是在卵子与精子阶段，就对基因进行调整，出生后是合乎父母设计的人类。他们在本质上不同的，但因为都拥有超越普通自然出生的人的能力，而数量又处于绝对的劣势，却因为具备了规格外的优秀能力，从而占据了非常庞大的社会资源。
在这样的情况下，越是拥有资源的人，越能对基因进行精密、高级的操作，越能选择环境良好的宇宙卫星生存，导致了他们的后代也成为更加优秀的人，而平民的后代只能生活在地球上，也没有任何的优势。不到半个世纪，越来越大的贫富差距让世界动荡不安。在这样极端的社会矛盾下，催生了一些诸如“蓝色波斯菊”的极端组织。
蓝色波斯菊认为新人类、调整人并非正常的人类，他们已经是“怪物”，是奴役正常人类、夺取地球的怪物。蓝色波斯菊认为要将新人类和调整人都驱逐出地球，他们的理念最初吸引了许多人，但这个组织在发展过程中，其目标越来越过激。在二十三世纪末期，蓝色波斯菊已经发展为恐怖组织，他们掌权时甚至做出过以大规模杀伤性武器杀害了数个卫星城市的平民的残虐行为，因而引起公愤。
纯净宇宙自然教会与一开始的蓝色波斯菊类似，只是并没有蓝色波斯菊激进。然而在蓝色波斯菊覆灭后，残余的蓝色波斯菊的组织成员进入了纯净宇宙，纯净宇宙受到了巨大冲击，一部分激进派开始掌权。同时，在过去十年间，由于另一种不同于自然人、亦不同于新人类和调整人的人类：超能力者的出现，让普通人数百年前的历史将会重演，在这种氛围下，纯净宇宙的激进派成功掌权。他们将人类笼统得分为新人类与旧人类：所有未觉醒能力，没有经过基因调整，没有接受超能力训练的普通人都是旧人类。而上述三类都是新人类。
纯净宇宙认为，只有旧人类才是真正的人类，继承了人类文明与意志，而新人类则是“宇宙的生物”，他们并不是人类，只是有着人类外表的怪物，在本质上与外星人或哥斯拉这样的东西没有区别。但新人类夺走了属于旧人类的一切，旧人类应当夺回属于自己的星球、卫星、权力。
纯净宇宙第一次真正引起人的注意是在三年前。
那时宇宙联合舰队刚刚成立，人类正处于和“丧尸”文明作战的前线。当时，宇宙联合舰队的高级将官全都是新人类，包括总指挥，年方十五岁的千羽未来。而纯净宇宙不顾“丧尸”文明的威胁，在他们暂时落脚的平民卫星上，对指挥团队进行了恐怖袭击。
当然，这次袭击被未来化解。
联合舰队之所以会来这个相对偏远的平民卫星，是因为这里因为与丧尸的战争，已经没有足够的食物支撑到收成的季节，联合舰队为他们带来了两船补给。然而在联合舰队离开后，纯净宇宙以他们接受新人类的帮助为由，对这座卫星上的平民进行了屠杀。他