之所以这个议案到现在才着手进行，是因为在高层中始终存在着分歧和争议。罗舟从最高执政官处得知，虽然表面上看起来高层就星际火种计划达成了一致，开始全力发展重聚变技术、修建行星发动机，但私下里反对的声音一直都有。
在执行任务的过程中，罗舟通过窃听、搜集资料的方式，大概搞清楚了事情的全貌。
现在的高层已经分裂为飞船派、中立派和行星派三个派系。
目前，中立派暂时站在行星派，也就是最高执政官这边，飞船派的人数最少。但飞船派中有大量的高级军官、技术精英，虽然暂时没有什么非分之想，但可能产生的破坏力却是不容小觑的。
而这些人之所以坚定选择飞船派，理由也看似很充分“行星发动机是以全人类命运为赌注的一场豪赌，一旦失败人类将会万劫不复。作为人类的精英，他们理应首先撤离，而不应该在这里冒无谓的风险。”
飞船派的人在数年的政治运作无果后，已经把在密谋抢夺飞船，进行叛逃。
在游戏的这个阶段，玩家的主要活动区域是在损坏的舰队区域。大量的工程师在对飞船进行拆解、修复，罗舟这些士兵们则是负责巡逻、站岗，表面上是在警惕虫族的威胁，实际上是为了防范飞船派的人。
在第一批飞船成功修复之后，行星发动机附近突然发现虫族活动的痕迹，士兵们被紧急征召前往迎战虫族，罗舟则是按照指挥官的指示继续保护飞船。飞船派果然发动叛乱想要抢夺飞船，主角所在的小队跟叛军激烈交火，最终在共同努力之下，成功击败叛军，粉碎了飞船派的计划。
这次的战斗内容是一次比较长的电影化流程，全都是在星际战舰所在的场景进行的。
在星际战舰外，严禁大型作战武器进入禁区，但还是有大量的叛军通过种种方式混了进来。这些叛军的目的就是夺取星际战舰叛逃，罗舟的小队和其他战士们在星际战舰内部跟叛军激烈交火，并最终将他们全都消灭。
不过在战斗的最后，恼羞成怒的叛军孤注一掷，使用了特殊的生化武器，虽然战斗最终结束了，但罗舟和很多士兵都遭受重创。
执政官决定让这批战士进入冬眠，并通过机械义肢等新技术修复他们的身体，让他们在未来的某个时间再度复活。
虽然这次成功瓦解了飞船派的图谋，但执政官意识到这很可能只是一次试探，真正的飞船派组织隐藏得一定很深，在未来还有可能会卷土重来。所以，他在暗地里给这批冬眠的战士一份特殊的使命，就是在自己死后，也能保证星际火种计划可以顺利地推行下去。
第三阶段的内容到此为止，这个阶段算是剧情前半段的一个小高潮，电影化流程能够最大限度地激发玩家的情绪，各种大场面的营造让玩家的肾上腺素激增。在战斗中，穷凶极恶的叛军、队友负伤、爆炸和混乱的场景，等等这些元素都可以很好地调动玩家的情绪，让第二阶段被压抑的情绪得以释放。
第四阶段的内容，是罗舟冬眠结束后的剧情。
自从主角冬眠之后已经过去了数十年，等他从冬眠中苏醒过来之后，整个人类世界已经发生了天翻地覆的变化。
在冬眠中心服务人员的引导下，罗舟领到新的防护服，去军营报道。离开冬眠中心之后罗舟才发现，原来现在人类已经转入了地底，外面的世界也已经发生了翻天覆地的变化。
原本的执政官已经死去，现在的新任执政官不论是手腕还是能力都要略逊一筹，表