地图与真实的画面叠在一起，火车的图标与真实的火车重叠。地图与火车图标渐渐淡去，真实的画面出现在观众眼前，一列轰隆咆哮绿皮火车沿着铁轨，在苍茫的大地上前行。
镜头切到火车内，车厢里挤满了乘客，墙壁上电风扇呼哧呼哧的响着，让喧闹的车厢显得更加嘈杂。张纯如抱着着包坐在硬板床上，看上去非常憔悴，又有些委屈，就像受了欺负的孩子。
镜头切到南京站，火车从左侧开到画面中，然后缓缓停住。全景，张纯如拖着行李从火车上下来，好奇地打量着周围的一切。大全景，张纯如的周围都是人，他们顺着月台浩浩荡荡地往前走。人群中的张纯如看上去有些孤单，又有些无助。
镜头切到车站外，张纯如在路边拦了一辆出租车，然后用半生不熟的中文告诉司机，去南京大学西苑宾馆。汽车缓缓启动，然后顺着街道在南京城里穿行。汽车停住，张纯如打开车门从车上下来。
镜头切到西苑宾馆的走廊里，大全景，张纯如拖着行李箱迎着镜头慢慢走来。就在张纯如走到镜头前，即将于镜头擦肩而过之时，摄影机转动，对准了张纯如的后背。张纯如在一道房门前停住，用钥匙打开了房门，并走进了房间。镜头切到房间里，张纯如放下行李，拉开了窗帘。她坐在床上，重重呼了口气，然后倒了床上。镜头切到窗外，外面碧空万里，太阳喷洒着猛烈的光线。
咚咚的敲门声响起，穿着大花低胸晚礼服的张纯如整了整礼服，将门打开。三个中年人走了进来，他们告诉张纯如，他们是杨夏鸣、孙宅魏，以及王卫星教授，将为张纯如的这次南京之行提供帮助。
三位教授问张纯如，张纯如在吗？张纯如笑着告诉他们，我就是张纯如。三位教授非常惊讶，他们以为“美国作家”张纯如应该是个中年人，没想到是个年轻姑娘，简直像一名大学生！三人面面相觑，有一种我们是不是在浪费时间的感觉。
王卫星问张纯如：“你为什么要写这本书？”
张纯如非常严肃地道：“屠杀犹太人，这件事全世界家喻户晓，但是在美国，在西方，南京大屠杀的事实无人知晓。作为一个中国人的后裔，写出它是我的责任。”
三位教授被这话打动了，而张纯如带的资料更是扯淡打消了他们的不信任。张纯如带来了《魏特琳日记》的复印片段，这是国内学界第一次知道《魏特琳日记》的存在。她在美国图书馆复印了1000多页有关远东军事法庭审判的资料，而这些资料在国内已经遗失。
张纯如简述了此次来南京的目的，并提出了具体的要求：一是采访南京大屠杀幸存者；二是实地察看当年的屠杀地点和当年外国人居住的房屋；三是收集并翻译中文档案资料。
三位教授作了分工，由王卫星收集整理资料，杨夏鸣担任翻译，孙宅巍还找来了遇难同胞纪念馆副馆长段月萍，她对幸存者的住址比较了解，有她出面方面张纯如采访幸存者。
镜头切换，张纯如在孙宅巍、段月萍和杨夏鸣陪同下前往当年大屠杀的现场。挹江门纪念碑前，张纯如静静站在那里，陷入沉思，汗水浸湿了她的头发和t恤；与此同时，电影画面的画面叠化出当年大屠杀发生时的场景，日军用机枪对着人群猛烈扫射，成批的中国人纷纷倒下，哀号之声回响在荒凉的江岸……
接下来，张纯如他们去了中山码头、煤炭港、草鞋峡……
每到一处张纯如都会停下来，将自己代入大屠杀发生时的情形；而观众通过叠化出来的画面，也都看到