皇帝之下有神策府、丞相府、大将军府分管宫廷、文武诸事。
神策府辖祭祀省、内侍省、殿中省、中书省、御史台
丞相府辖吏部、户部、礼部，其中吏部辖宗正寺，户部辖司农寺、太府寺，礼部辖太常寺、鸿胪寺、光禄寺、国子监。
大将军府辖工部、刑部、兵部，其中工部辖都水监、将作监、少府监，兵部辖军器监、卫蔚寺、太仆寺，刑部辖大理寺
六部每部直辖四司，共二十四司。
由于大将军府的权力过大，一般朝廷都不会设立大将军，三部由皇帝直接管辖。
南晋文武官封为七官七吏，官升一级授田增加俸禄增加
武官官职顺序：
正一品官职：护国大将军（御前大将军）
正二品官职：镇国大将军、镇边大将军、（又称左将军、右将军，礼仪上右比左高贵）
从二品官职：四征将军：征东将军、征西将军、征南将军、征北将军（不常设，只有战乱时设）
四镇将军：镇东将军、镇西将军、镇北将军、镇南将军，受镇国或镇边将军府管辖。（一般边疆有镇国或镇边将军府，辖四镇将军府，四镇将军府有时有别的称呼。比如北疆东端白族抚远将军，翌家安宁将军府，擎家宁靖将军府，西端萧族抚顺将军府。不同的是北疆未设立镇国或镇边将军府，四将军府直接接受朝廷辖制。）
正三品官职：抚平大将军（又称禁军大将军，为禁军首领）平寇将军、平掳将军、平难将军（不常设）四陪都军队首领，由朝廷指派（虎牙将军、卫将军）横海将军（水军最高将领）
从三品官职：禁军左将军、禁军右将军、禁军中将军（禁军三府首领）步军左将军、步军右将军。步军中将军骑军左将军、骑军中将军、骑军右将军横海左将军、横海中将军、横海右将军
正四品官职：建威将军、建武将军、振威将军、振武将军、奋威将军、奋武将军、扬威将军、扬武将军、广威将军、广武将军
从四品官职：建威中郎将军、建武中郎将军、振威中郎将军、振武中郎将军、奋威中郎将军、奋武中郎将军、扬威中郎将军、扬武中郎将军、广威中郎将军、广武中郎将军
正五品官职：校尉将军（名称可以是地方也可以御赐或请封）
从五品官职：偏将军、裨将军（名称可以是地方也可以御赐或请封）
正六品官职：中尉将军（名称可以是地方也可以御赐或请封）
从六品官职：少尉将军（名称可以是地方也可以御赐或请封）
正七品官职：尉将军（名称可以是地方也可以御赐或请封）
从七品官职：上户军（名称可以是地方也可以御赐或请封）
武吏：士卒、步尉、骑尉、骑都尉、都尉、护军、中护军
文官官职顺序：
正一品官职：帝师、三公（太尉、司徒、司空）只是名誉称号，没有实权，皇家赐封以示地位尊崇
从一品官职：丞相、大将军、神策府君
正二品官职：六部尚书、五神策府尚书
从二品官职：六部尚书的副手、五神策府尚书副手、州刺史
正三品官职：九寺五监一把手
从三品官职：九寺五监二把手，二十四司正
正四品官职：二十四司正副手、州二级官吏