以至于到了最后，神王黄昏战神亲自将临新盘古世界出手，不过在失去灵气滋润后，黄昏战神的神力流失得也十分厉害，最后竟然敌不过新盘古世界十二个最强文明的领袖联手。
这十二个击败黄昏战神的文明领袖，又被后世之人称作十二祖巫，十二祖巫虽然击败了黄昏战神，不过并未彻底将其弑杀掉，黄昏战神在逃走时，使出了神通将盘古大陆大部分的灵气都剥落了下来，并带回到“天”上。
重获灵气的“天”重新燃起了生机，而众神们也渐渐恢复了神力以及永恒的寿命，不过失去了大部分灵气的新盘古世界却面临末日，灵气是盘古大陆上生灵们繁衍生息赖以生存的东西，所以失去灵气对于大部分种族来说都是毁灭性的打击。
所以为了争夺盘古大陆上剩余的灵气延续自身所在的部族，十二祖巫纷纷带领自己的部族爆发战争，此次内战中所有组建起来的联盟乃至是文明都被彻底解构，每个种族都极其自私地为了得到灵气而残忍地将其他种族屠戮掉。
来自魔界的女魔伊娃不忍心看着盘古大陆上各大种族相互屠戮争战，所以用两仪生灭阵将亡灵的怨气转化成了灵气，并用周天星斗大阵使得灵气均匀地在整个盘古大陆上流动，在灵气稀缺的问题得到根源性的解决后，盘古大陆上各个部族也渐渐地停止了战争。
但是那一战中还是使得许多弱小的种族蒙受到灭族之灾，让盘古大陆上的生灵放下厮杀屠刀的女魔伊娃也摇身一变成为了生灵们侍奉的神明，盘古大陆上的生灵把伊娃称呼为女娲，而后世之人又把伊娃补充盘古世界灵气的世界成为女娲补天。
伊娃除了补天之外，还做了另一件大事，那便是揉合了盘古大陆上各个种族的血脉创造人类，而人类又把自身以外的生灵，也就是盘古大陆上原先的各个种族统称为妖。
人类虽然不像妖那样具备强大的肉身与能力，但是人类继承了神与魔的智慧，又因为人类的血脉中融合了万灵之血，所以人类又自称为万物之灵。
人类灵智程度远高于妖，并且非常懂得保全自身，所以弱小的人类向各个强大的妖族进贡，并换取强大妖族的保护，并自愿给强大的妖族当附庸，所以人类才得以在万妖纵横的洪荒时代中苟且偷生地存活下来。
第二次“天”神的入侵战争摧毁了新盘古世界上的文明，所以盘古世界上的各大部族为了统一又重新开启了征服战争，而这场强大部族统治弱小部族的征服战争中，最耀眼的却不是强大的十二祖巫，而是两个异种。
“天”神第一次入侵新盘古世界时，盘古大陆上的各大文明便向曾经的盟友，也就是活在地底魔界中的魔求助过，期间有包括伊娃在内的无数大魔从魔界里走出重新进入新盘古世界，并帮助大陆上的新灵们击败“天”神。
在击败“天”神后，虽然大部分的魔都回到了魔界，但仍有部分的魔选择留在这片大陆上，久而久之，魔开始与盘古大陆上各种生灵通婚，而魔与妖生下的异种都极其容易夭折，不过活下来的异种却展现出比魔，甚至比神王还要强的神通。
其中有一对双胞胎异种更是直接颠覆了妖界与神界，这对双胞胎异种的大哥名为帝俊，弟弟名为太一，他们的真身都是头顶上盘绕阳火的三足金乌。
在第二次巫妖大战中，太一以一己之力血拼八大祖巫，并使八大祖巫统统陨落，十二祖巫最强大的八个被太一杀死后，剩下的四个已经完全不是太一的对手了，所以纷纷向太一俯首称臣，而太一也迅速统一