三月十九日清晨，兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎刘宗敏所部军。而此时崇桢带著太监王承恩煤山瞭望，又返回乾清宫，大臣皆己逃散，最后崇祯前往景山自缢。
李自成进北京后，遣使至山海关招降吴三桂，吴三桂不应。顾四月二十一日，李自成与吴三桂进行一片石战役。战至四月二十二日，吴军渐渐不支。吴三桂乃降于清朝摄政王多尔衮，两军联手击溃李自成，主将刘宗敏受伤，急令撤退。
四月二十六日，李自成逃到京城，仅三万余人。
四月二十九日，李自成再次遣使于吴三桂，使者送还其家人，并用重金买通吴三桂左右。左右遂向吴三桂进言，曰：清兵乃为异族，非我族类，其心必异！
如今崇祯皇帝自缢景山，天下大乱已成定局，总兵手下有精兵强将，此乃王业之资。
而闯贼乃逼死崇祯帝元凶，已失天下士子之心，不足为惧。现在闯贼刚刚大败，何不暂时与其暂时议和，共击清兵，以除后患，而后再携大胜之势入关，以平定天下。
待到天下平定后，进可改朝换代，成就一番霸业，退亦可封王拜相名留青史。
吴三桂犹豫再三，终与李自成秘密议和。
五月初三，吴三桂联合多尔衮向北京进军。
五月初八，多尔衮下令攻城，李自成命李岩率军守城，双方酣战直至日落。
五月初九寅、卯交替之时，吴三桂突然率兵进攻清军大营。
清军因昨日大战，此刻正是人困马乏之时，再加事先毫无防备，顷刻间便被吴三桂攻入大营，顿时全营大乱。
闯王于城头见清军大营大乱，立刻派心腹将领刘芳亮出城策应，共击清军。
天明战事结束时，此次入关清军除少数人马趁乱北逃外，几乎全军覆没，多尔衮亦死于昨夜乱军之中，清军由此元气大伤，直至明朝末年乱结束，在入关的能力。
五月十三日，李自成归还皇太子朱慈烺于吴三桂，并献重金，同时表示愿意削去王号，归降大明。
吴三桂大喜，同意了李自成的归降。
五月十六日，李自成率军退出北京，前往太原驻扎。其后又不断下令，命大名、济南、开封等地守军西归。
五月二十日，吴三桂迎皇太子朱慈烺还宫，并以太子身份监国。
九月十九日，吴三桂书以“国不可一日无君”为借口，请皇太子朱慈烺登基称帝，以安天下百姓之心。
其后历经三劝三辞，皇太子朱慈烺于十月初三，在北京正式登基，改元“义兴”，史称明顺宗。
义兴帝即位后，随即封吴三桂为平西王，并任命其为五省总督，兵部尚书，总揽全国兵马大权。可这项任命却遭到了南方众多官员的反对。
南方官员以自靖难之役后，国朝从无异姓生前封王的先例为借口，要求义兴帝削去吴三桂平西王的封号和其兵部尚书的官职，等南京留守官员北后，再从中选其贤能兵部尚书。吴三桂对此自然不肯，因而与南方官员决裂。
不久之后，南方官员便以吴三桂把持朝政，是想学汉末曹操“辖天子以令诸侯”，以此为借口质疑义兴帝即位的合法性。
义兴元年七月，史可法等人于南京拥立福王朱由崧为帝，年号弘光，史称南明。
得知福王登基，义兴帝大怒，命吴三桂为平叛大将军，南下讨伐伪帝。
八月初，吴三桂在北京誓师，于次日正式南下，由此拉开了长达三年之久的“正统之争”。
义兴三年，吴三桂率军与南明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤