至元代，玉女信仰出现一重要变革，即开始明确将玉女崇祀纳入道教范畴。元杜仁杰《泰安阜上张氏先茔碑》中记泰山道士张志纯于金贞佑之乱后重葺泰山祠宇，“自绝顶大新玉女祠，倍于故殿三之二；取东海白玉石，为像如人然，一称殿之广裒”（收入《重辑杜善夫集》）。这是玉女祠自创建以来首次大规模拓建，其工由道士主持，其祠宇也自然归属道门管理。重修后玉女祠改额为昭真观，中统五年（1264）《天门铭》摩崖后有“昭真观主翟庆真同立”一行可证。昭意为昭示、彰明，真则为道徒对仙人的称呼，道籍称老子为真老，化生真妙玉女，观名取意于此。改额“昭真”，意在强化玉女的道神色彩。
至明，泰山玉女才开始被称为“碧霞元君”。较早的文献见于明许彬天顺五年（1461）所撰《重修玉女祠记》：“予自永乐九年（1411）发解山东，还登此山，距今五十有一年。为天顺辛巳（1461），又得陪巡按山东监察御史康骥德良、按察使王钺世昌同一登览，瞻泰山天仙玉女碧霞元君之神……。”是碧霞神名明代前期业已出现。另明初宋濂《登岱》诗中也有“灵光长绕碧霞宫”之句（见《岱史》卷十六），堪作旁证（另《水浒传》第七十四回亦有“万民朝拜碧霞君”之语，因其成书年代说法不一，暂不作为证据）。又《元始天尊说东岳化身济生度死拔罪解冤保命玄范浩咒妙经》。经文中历数岳帝驾下神祇，有一段专述碧霞元君，云：“至心皈命礼泰山顶上，东岳内宫，曩时现玉女之身，根本即帝真之相。应九炁而垂慈示相，冠百灵而智慧圆融。行满十方，恩周亿劫。位正天仙之号，册显碧霞之封。掌岳府之神兵，管人间之善恶。寻声赴感，拥国安民。大圣大慈，至仁至孝天仙玉女广灵慈惠恭顺普济保生真人护国庇民宏德碧霞元君。”此下又云：“是时天尊说是偈，已各各稽首皈依顶礼……东岳泰山天仙玉女碧霞元君。”《道藏分类题解》据本经中泰山神号用元代所封“东岳大生天齐仁圣帝”，认为经书“当出于元”，任继愈《道藏提要》则认为系明代所作。笔者倾向于后一种意见。泰山玉女于明代易名为碧霞元君。
明初朝廷施行祀典复古，诏去泰山神帝号，同时强化其神之官方色彩，严禁民间“非礼之渎”，使泰山神信仰由民间祀典向官方祀典回归。民间对于泰山的崇祀活动，只得另寻其它对象，亦即清人孔贞瑄《泰山纪胜》所云：“东岳非小民所得祀，故假借碧霞云尔。”另一方面，道徒大力将泰山女神的形象进行转化，将“泰山玉女”打造成“碧霞元君”，并杜撰出宋真宗加封的“故实”。其意在于：一、玉女作为兴起于泰山的民间神，从未列入朝廷祀典，严格说来，属于淫祀，如正德朝工科给事中石天柱等言：“祀典唯东岳泰山之神，无所谓碧霞元君者，淫祀非礼，可更崇重之乎？”道徒打出宋真宗的旗号，有助于使淫祀合法化。二、碧霞元君较之玉女之名，更具有道教色彩，进一步明确了其神的宗教归属性（玉女虽早见于道籍，但其名不专属于道教，如世俗称美女为玉女；而元君则为道教专名，绝无歧义）。三、将女神形象从“年可二十四五”（《盈盈传》中所记玉女年龄）的青春女性向中老年女性转换，并赋予其主司生育的功能，以适应社会群体“母神”崇拜的信仰诉求。
道士对泰山女神的这番重塑，得到了朝廷与民间的双重认可。在朝廷方面，自正统十年（1445）始，内廷不断下诏发帑重修岱顶昭真观；至明宪宗嗣位，“遣廷臣以祀方岳，又时命中贵有事于（昭真）祠”，开启了致祭元君的